Dark Shell предлагает вариант альтернативной истории, согласно которому оккупационные силы, занявшие Японию после второй мировой войны, не сумели установить прочную власть, и в создавшемся хаосе появилось множество группировок, претендующих на главенство страной, что привело к неслыханно кровавой междоусобице.
